協同組合の設立および定款変更にかかる認可を行う管轄官庁は協同組合の本店所在地を置く都道府県（県民局）または市区町村等となります。(組合員の資格等により当該業種を管轄する省庁や地方局が管轄となることもあります）
設立や定款変更にかかる申請を直接管轄官庁に持ち込むことも可能ですが、まずは各都道府県にある“中小企業団体中央会（以下、中央会）”に事前相談するように指導されるケースも増えつつあります。中央会とは、協同組合等の設立や運営の指導・支援などの中小企業の支援など様々な経営問題について相談に応じる組織であり、こと協同組合の設立においては事前ヒアリング、必要書類フォーマットの提供、作成書類のチェック等、管轄官庁との橋渡しをしてもらえます。ただ、ある程度組合運営にかかる書類に慣れてしまえば、特段中央会の支援が不要になること、また、協同組合設立後には中央会の会員となることを求められることから、中央会に頼らず独自で設立・運営される協同組合も多数あります。